Paulo Pena é jornalista profissional desde 1998. Iniciou a sua especialização em jornalismo de investigação na revista Visão, onde foi editor da secção de Política e coordenador da equipa de projetos investigativos. Recebeu, em 2001 e 2013 dois Prémios Gazeta do Clube de Jornalistas (Revelação e Imprensa Escrita), bem como várias outras distinções (Prémio de Jornalismo Económico Santader/Universidade Nova, Prémio Cáceres Monteiro, entre outros). No jornal Público foi grande-repórter entre 2013 e maio de 2018. Em janeiro de 2016 fundou o primeiro grupo permanente de jornalistas de investigação europeu - Investigate Europe, que junta nove jornalistas de oito países europeus. Deu aulas e conferências na Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa, na Universidade de Coimbra e na Universidade da Beira Interior. Desde maio de 2018 é grande-repórter do Diário de Notícias, co-responsável pela edição do caderno 1864. Foi recentemente escolhido pela Fundação Calouste Gulbenkian como bolseiro da sua primeira edição do projeto de apoio ao jornalismo de investigação.